После смерти Богдана Хмельницкого его сын Юрий Богданович, добиваясь отцовской гетманской булавы против воли и согласия на это большинства войсковых старшин, объявил себя гетманом и изменил России, вступив в союз с крымским ханом и призвав себе на помощь поляков.

Юрий Хмельницкий. За 12 лет непрерывных военных действий некогда цветущий и благодатный край превратился в пустыню. Там, где еще 10-15 лет назад зеленели сады и колосились хлеба, не росла даже трава, вытоптанная десятками тысяч конских копыт. Некогда зажиточные селения оказались стертыми с лица земли, а на месте многолюдных местечек и городов остались одни развалины. Десятки, а может и сотни тысяч жителей этого края погибли в междоусобных войнах, столько же было угнано татарами в Крым и продано в рабство. Моровое поветрие, неурожай и голод стали постоянными спутниками оставшихся в живых. Все, кто имел тяготение к мирному труду, бросали насиженные места и перебирались в Слободскую Украйну под защиту московского царя, другие же брали в руки косы, вооружались, кто чем мог и шли в казаки. Землю никто не обрабатывал и плодородная почва постепенно вырождалась в солончаки.

   Но главная беда малороссиян состояла не в этом, а в отсутствии единства, согласия и стремления к достижению общей цели. Буквально все - от последнего посполитого до казацкого полковника только и знали, что рассуждали о вольности и независимости, и никто, подобно польским шляхтичам, не хотел признавать над собой никакой власти. Оно и понятно, тесное общение с поляками на протяжении сотни лет (со времен Люблинской унии), не могло не сказаться на характере русских людей, вольно или невольно перенявших у польской шляхты впитанную с молоком матери склонность к анархии.

 В 1661 году Новгород-Северский, Стародуб, Мглин, Почеп и Погар были разбиты и разрушены крымскими татарами, которые затем соединившись с войсками Юрия Хмельницкого, состоявшими из одной тысячи донцов и одной тысячи немцев, осадил город Переславль. В помощь Юрию пришли и польские войска под начальством Чарнецкого. Это было в июне 1662 года.

В апреле 1662 года наказный гетман Яким Самко собрал тайную раду в одном из Козелецких дворов. После измены гетмана Юрия Хмельницкого, оставшиеся верными русскому государю Нежинский и Черниговский полки, на этой тайной раде избрали Переяславльского полковника Якима Самко своим наказным гетманом.

Яким Самко или Сомко (Иоаким Семенович). Полковник Переяславского полка, "значный и богатий козак и купец переяславский", долго и упорно добивавшийся гетманства в эпоху смут, наступивших после смерти Богдана Хмельницкого . Ему приходилось одновременно бороться с тремя соперниками: Юрием Хмельницким, против которого он удачно вел военные действия в 1662 году, Золотаренком (тот, впрочем, впоследствии перешел на сторону С. и даже поддерживал его) и Брюховецким. Ища опоры, Самко вступил в переговоры с Тетерей о присоединении Левобережной Украины к Польше. Когда победа осталась за Брюховецким, который в 1663 году избран был гетманом, Самко был объявлен изменником и обезглавлен 18-го сент. 1663 г. в Борзне. Палач-татарин так был поражен внушительностью фигуры и красотою Самко, что приступил к совершению казни с сожалением и выразил упрек казакам, заметив: "сего человека Бог сотворил на удивление свету, а вы убиваете". По замечанию летописи Величко, Самко был "человек разумний и статечний", а также несомненно энергичный; эти качества делали его вполне достойным гетманства, которого он так сильно добивался и "которое бы певне и не оминуло его, если бы фортуна не умкнула ему фавору своего".  - Большая биографическая энциклопедия

Этот храбрый полководец с Переяславльским, Нежинским и Черниговским полками очистил Украину от поляков, приведенных Юрием Хмельницким, а потом и от союзников Юрия – крымских татар, которые потерпев поражение под Переяславлем, стремились овладеть Нежином и Черниговом, своими набегами причинив большие опустошения Стародубскому полку и в частности г. Мглину, Почепу, Стародубу, Погару и Новгород-Северску.

Но Самко с помощью русских войск, прибывших к нему на помощь под командой Ромадановского, окончательно поразил их и окончательно очистил страну от татар и поляков.

Сам виновник этих бед Юрий Хмельницкий, думая скрыть свое бесславие, нанесенное отцовскому имени, в 1663 году в Жидиничском монастыре принял монашеский сан.

Любимый верными полками и народом Яким Самко, конечно, был первым кандидатом на гетманство. Опасаясь, что с прибытием Брюховецкого с запорожцами и царского посла княза Гагина, задаренного им, его могут не избрать в Нежине на раде, Самко, не ожидая их, созвал раду в Козельце, где его и избрали гетманом. Но Козелецкая рада была признана государем незаконною и послужила гибелью этого отважного воина и всех его достойных приверженцев, обвиненных Брюховецким и Гагиным перед государем Алексеем Михайловичем в измене (по Эйнгорну и ….). Гетманом Малороссии в 1663 году был утвержден Иван Мартынович Брюховецкий.

Иван Брюховецкий.  Все тайны наконец обясняются: потомство узнало кто был Иван Брюховецкий. Слуга Богдана Хмельницкого, спасая жизнь господина, однажды попался он Татарам в плен; его пытали, мучили, наконец за дорогой выкуп отпустили к Гетману. По смерти Богдана, он достался Юрию; молодой Пан одевал его богато, дал ему саблю, и на своем «коште» для него содержал коня. Он любил своего старого слугу, слушал его советы, требовал от него мнений, и эти мнения уважал. Летописи говорят, что и слуга никогда не употреблял во зло господской доверенности; полагал кончить жизнь при Пане своем, всегда был при нем неотлучно, все его чувства принимал к сердцу. Верный слуга был известен каждому Украинцу под именем Мартынца.

— «История Малороссии», Н.А. Маркевич, Том 2, М. 1842.

При нем в 1663 году Стародубским полковником П. Рославцевым было произведено преобразование Стародубского полка. Из Стародубского повета составлены 4 сотни: Топальская, Стародубская, Мглинская и Почепская. Между городами Мглином и Почепом проведена новая граница.

В этом же 1663 году пределах Мглинщины вновь появились польские войска под начальством гетмана Михаила Паца и польского короля Казимира.